Музей истории Донского казачества — первый на Дону и Юге России. Строительство здания начато в 1894 года по проекту А.А. Ященко. Открытие музея в Новочеркасске состоялось 22 ноября 1899 года. Изначально он состоял из доисторического, исторического и естественно-исторического отделений, библиотеки и исторического архива, а спустя год добавилось особое отделение войсковых регалий. Первым его директором стал Х.И. Попов.

В 1941 году реорганизован в Музей истории Донского казачества. В 1946 году возвращены 2726 экспонатов, вывезенных белыми в 1920 году. Также музею была переданы коллекции картин художника Н.Н. Дубовского и работы донского художника И.И. Крылова. Позже при музее создаются мемориальные дома-музеи художников И.И. Крылова, М.Б. Грекова и В.Г. Калмыкова.

В 2004 году открыта первая очередь из трех экспозиционных залов второго этажа Атаманского дворца.

Сегодня Новочеркасский музей насчитывает более 120 тысяч экспонатов в своих фондах.